OpenBioMed 项目使用教程

OpenBioMed 项目使用教程

OpenBioMed 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/op/OpenBioMed

1. 项目的目录结构及介绍

OpenBioMed 项目的目录结构如下：

OpenBioMed/
├── ckpts/
├── configs/
├── datasets/
├── docs/
├── examples/
├── open_biomed/
├── scripts/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README-CN.md
├── README.md
├── USE_POLICY.md
└── requirements.txt

目录结构介绍

• ckpts/: 存放模型的检查点文件。
• configs/: 存放项目的配置文件。
• datasets/: 存放项目使用的数据集。
• docs/: 存放项目的文档文件。
• examples/: 存放项目的示例代码。
• open_biomed/: 项目的主要代码文件夹。
• scripts/: 存放项目的脚本文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README-CN.md: 项目的中文介绍文档。
• README.md: 项目的英文介绍文档。
• USE_POLICY.md: 项目使用政策文档。
• requirements.txt: 项目依赖的 Python 包列表。

2. 项目的启动文件介绍

OpenBioMed 项目的启动文件通常位于 scripts/ 目录下。以下是一些常见的启动脚本：

• train.py: 用于训练模型的脚本。
• inference.py: 用于模型推理的脚本。
• preprocess.py: 用于数据预处理的脚本。

启动文件介绍

• train.py: 该脚本用于启动模型的训练过程。用户可以通过命令行参数指定训练的配置文件、数据集路径等。
• inference.py: 该脚本用于加载训练好的模型并进行推理。用户可以通过命令行参数指定模型路径、输入数据路径等。
• preprocess.py: 该脚本用于对数据进行预处理，生成模型训练所需的格式。

3. 项目的配置文件介绍

OpenBioMed 项目的配置文件通常位于 configs/ 目录下。以下是一些常见的配置文件：

• config.yaml: 项目的全局配置文件。
• model_config.yaml: 模型的配置文件。
• data_config.yaml: 数据集的配置文件。

配置文件介绍

• config.yaml: 该文件包含了项目的全局配置，如日志级别、数据路径、模型路径等。
• model_config.yaml: 该文件包含了模型的配置，如模型的超参数、层数、激活函数等。
• data_config.yaml: 该文件包含了数据集的配置，如数据集路径、数据预处理参数等。

通过修改这些配置文件，用户可以自定义项目的运行参数，以适应不同的需求。

OpenBioMed 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/op/OpenBioMed