参与主体：
- 直接参与者：主要是商业银行等金融机构，在央行开设清算账户。
- 国家处理中心（NPC） ：系统的核心枢纽。
- 城市处理中心（CCPC）：连接NPC和直接参与者。
业务流程中的资金清算阶段（以一笔典型的跨行支付业务为例）：
-
发起阶段 - 发起行（直接参与者）：
- 客户向发起行提交支付业务请求（如大额转账等）。
- 发起行根据发起人的要求确定支付业务的优先级次（普通、紧急和特急）。
- 发起行对该业务进行数据处理，逐笔加编地方密押后，将支付指令转发给与其连接的发报中心（可以是通过所在城市的CCPC）。
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发报中心处理：
- 发报中心（一般属于支付系统体系内节点）接收发起清算行发送的支付指令。
- 对发起行业务权限进行检查并检验地方密押无误后，自动向发起清算行返回确认信息。
- 再将支付指令逐笔加编全国密押后，发送到国家处理中心，并接受国家处理中心发回的回执信息，进行存档。
-
国家处理中心（NPC）处理：
- 收到发报中心发来的支付指令后，立即对接收行接收业务权限进行检查并检验全国密押。
- 如果发起清算行对应的清算账户头寸足以支付：
- 直接将支付指令转发到接收清算行所属的收报中心，接受其发回的回执信息并进行存档 。
- 同时实时借记发起行在央行的清算账户，贷记接收行的清算账户（完成资金所有权的转移）。
- 当清算账户头寸不足时：
- 将大额支付作排队处理，通知发起行头寸不足情况。
- 进入清算窗口时间（17:00 - 17:30 ），等待发起行筹措资金，如果在预定清算窗口结束时间时，清算账户的余额仍不足的，将排队的支付业务作退回处理，国家处理中心同时将有关记录存档。
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收报中心的处理：
- 收报中心收到国家处理中心的支付指令，检验全国密押无误后，加编地方密押，并将支付指令转发至接收清算行。
- 自动向国家处理中心返回确认信息，同时接收清算行的回执信息并存档。
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接收清算行（直接参与者）的处理：
- 接收清算行收到收报中心的支付指令，检验地方密押，确认无误后，向其返回确认回执。
- 同时贷记接收人（最终收款人）在本行的账户（完成接收行一侧客户账资金的到位） 。
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特殊情况的资金清算相关：
日终试算平衡与核对阶段（每日）：
- 日终（一般17:30之后），清算窗口关闭后，大额支付系统将各清算账户、大额支付往来、小额支付往来、支付清算资金往来和汇总平衡科目账户当日累计发生额和余额进行试算平衡。
- 试算平衡后，立即下载账务信息和核对支付信息。
- 大额支付系统日终后，向直接参与者下发“大额业务汇总核对报文”，由直接参与者进行支付业务核对。直接参与者核对不符的，直接参与者根据大额支付系统数据进行调整。
- 若试算不平衡的，以下载的支付系统账务明细为准进行账务调整。
清算排队业务退回情况（清算窗口预定关闭时间）：
主动退回仍在排队的贷记支付业务、即时转账业务和单边业务，但错账冲正、同城清算系统轧差净额等不可退回，必须当日清算。