1. 下载安装
直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件
wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.36.zip unzip Trimmomatic
2. 运行软件
一般我们使用默认参数运行即可，具体使用方法可参见官网http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
使用默认参数运行程序:
sudo java -jar trimmomatic-0.36.jar PE \ -phred33 ~/SRR733/SRR2854733_1.fastq ~/SRR733/SRR2854733_2.fastq \ ~/SRR733/clsseq/SRR2854733_1_paired.fq ~/SRR733/clsseq/SRR2854733_1_unpaired.fq \ ~/SRR733/clsseq/SRR2854733_2_paired.fq ~/SRR733/clsseq/SRR2854733_2_unpaired.fq \ ILLUMINACLIP:/usr/local/src/Trimmomatic/Trimmomatic-0.36/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \ LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 HEADCROP:8 MINLEN:36
运行结果：
Input Read Pairs: 23396043
Both Surviving: 20842668 (89.09%)
Forward Only Surviving: 2537100 (10.84%)
Reverse Only Surviving: 13969 (0.06%)
Dropped: 2306 (0.01%) TrimmomaticPE: Completed successfully
3. 常用参数说明
PE/SE
设定对Paired-End或Single-End的reads进行处理，其输入和输出参数稍有不一样。
-threads
设置多线程运行数
-phred33
设置碱基的质量格式，可选pred64
ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10
切除adapter序列。参数后面分别接adapter序列的fasta文件：允许的最大mismatch数：palindrome模式下匹配碱基数阈值：simple模式下的匹配碱基数阈值。
LEADING:3
切除首端碱基质量小于3的碱基
TRAILING:3
切除尾端碱基质量小于3的碱基
SLIDINGWINDOW:4:15
从5'端开始进行滑动，当滑动位点周围一段序列(window)的平均碱基低于阈值，则从该处进行切除。Windows的size是4个碱基，其平均碱基
质量小于15，则切除。
MINLEN:50
最小的reads长度
CROP:<length>
保留reads到指定的长度
HEADCROP:<length>
在reads的首端切除指定的长度
TOPHRED33
将碱基质量转换为pred33格式
TOPHRED64
将碱基质量转换为pred64格式ref：https://www.jianshu.com/p/7b5591673255