python处理nii文件

第一步安装nibabel，可以使用命令：pip install nibabel

之后：

from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D as osd
import nibabel as nib

filename = 'image.nii'

img = nib.load(filename)

#输出文件信息
print(img)

w,h,q = img.dataobj.shape

#显示3D图像
osd(img.dataobj).show()

 

结果：

<class 'nibabel.nifti1.Nifti1Image'>
data shape (512, 512, 333)
affine:
[[  -0.82617199    0.            0.          204.01400757]
 [   0.           -0.82617199    0.          211.5       ]
 [   0.            0.            1.25       -431.97399902]
 [   0.            0.            0.            1.        ]]
metadata:
<class 'nibabel.nifti1.Nifti1Header'> object, endian='<'
sizeof_hdr      : 348
data_type       : b''
db_name         : b''
extents         : 0
session_error   : 0
regular         : b'r'
dim_info        : 0
dim             : [  3 512 512 333   1   1   1   1]
intent_p1       : 0.0
intent_p2       : 0.0
intent_p3       : 0.0
intent_code     : none
datatype        : int32
bitpix          : 32
slice_start     : 0
pixdim          : [1.       0.826172 0.826172 1.25     0.       0.       0.       0.      ]
vox_offset      : 0.0
scl_slope       : nan
scl_inter       : nan
slice_end       : 0
slice_code      : unknown
xyzt_units      : 2
cal_max         : 0.0
cal_min         : 0.0
slice_duration  : 0.0
toffset         : 0.0
glmax           : 0
glmin           : 0
descrip         : b''
aux_file        : b''
qform_code      : scanner
sform_code      : unknown
quatern_b       : 0.0
quatern_c       : 0.0
quatern_d       : 1.0
qoffset_x       : 204.014
qoffset_y       : 211.5
qoffset_z       : -431.974
srow_x          : [0. 0. 0. 0.]
srow_y          : [0. 0. 0. 0.]
srow_z          : [0. 0. 0. 0.]
intent_name     : b''
magic           : b'n+1'