Python处理.nii文件

.nii文件是NIFTI格式的文件，用来储存医疗图像信息。在神经网络处理过程中，需要安装一个Nibabel的包，用来处理该格式的图像。

一、安装命令

conda install -c conda-forge nibabel #conda安装

pip install nibabel #pip安装

二、代码

from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D
from nibabel import nifti1
import nibabel as nib
from matplotlib import pylab as plt
import matplotlib


# matplotlib.use('TkAgg')
# 文件名，nii或nii.gz
example_filename = 'xxxx'
img = nib.load(example_filename)


# 打印文件信息
print(img)
print(img.dataobj.shape)

#shape不一定只有三个参数，打印出来看一下
width, height, queue = img.dataobj.shape


# 显示3D图像
OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()


# 计算看需要多少个位置来放切片图
x = int((queue/10) ** 0.5) + 1
num = 1
# 按照10的步长，切片，显示2D图像
for i in range(0, queue, 10):
    img_arr = img.dataobj[:, :, i]
    plt.subplot(x, x, num)
    plt.imshow(img_arr, cmap='gray')
    num += 1


plt.show()

打印结果中会有很多文件信息，大家可以对自己感兴趣的信息进行查看。

三、效果展示

 

参考链接

https://blog.csdn.net/u014657795/article/details/88790440

https://www.cnblogs.com/peixu/p/13185710.html

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https://blog.csdn.net/m0_37852937/article/details/85031853

https://www.cnblogs.com/flyuz/p/11727466.html

https://blog.csdn.net/alxe_made/article/details/80512423