dcm2nii.多张dcm 文件转换成nii等其他格式的存储。

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在进行医学图像处理的时候往往遇到多张dcm 文件合并成一个文件。或者要使用3D数据进行相关的处理。但是我在网上找了一个往往都是一些软件直接进行了操作。这样对于程序来说不是很友好。最后我自己写了一个基于python的小程序这样可以直接使用了。

    import SimpleITK as sitk
    reader = sitk.ImageSeriesReader()
    dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames('H:\\dicomdata\\test1labeldcm')
    reader.SetFileNames(dicom_names)
    image2 = reader.Execute()
    image_array = sitk.GetArrayFromImage(image2) # z, y, x
    origin = image2.GetOrigin() # x, y, z
    spacing = image2.GetSpacing() # x, y, z
    image3=sitk.GetImageFromArray(image3)##其他三维数据修改原本的数据，
    sitk.WriteImage(image3,'test.nii') #这里可以直接换成image2 这样就保存了原来的数据成了nii格式了。

几行简单的python 程序就可以进行转换了。