欧美之间对B类AIS设备使用SOTDMA协议还是CSTDMA协议争议较大：主张使用SOTDMA协议的认为CSTDMA协议没有时隙预约能力，船舶报告不稳定可靠。主张使用CSTDMA协议的认为SOTDMA选择时隙的方法与A类相同，不但占用当前发射时隙，还要预约未来时隙，这在船舶数量大的区域会造成信道拥堵。
一些A类AIS不能识别B类AIS的船名等静态信息：一是先前安装的A类设备没有识别CS B类的功能，这在A类设备升级后，问题会完美解决。另一是CSTDMA时隙复用方法造成，当某一区域的AIS终端数量超过饱和值时，A类能正常发送信息，CS B类也能正常收发信息，但对复用时隙的B类终端发送的信息，A类终端不能正常解调，也就不能识别此B类终端。这个问题随着A、B类终端数据的增加而日益严重。
当AIS辖区内终端数量不多时，由于SOTDMA的B类AIS与目前的AIS系统采用完全相同的网络协议，对其他AIS船舶-船舶、港口-船舶的正常消息广播和通信基本没有影响；CSTDMA的B类AIS也一样。
当AIS辖区内终端数量达到饱和值时，SOTDMA B类和CSTDMA B类都会对SOTDMA系统产生影响，美国海岸警卫队研究和发展中心（US Coast Guard Research and Development Center）对Florida和San Francisco二个水域进行了计算机模拟，结果表明大量CSTDMA B类终端的存在并没有对SOTDMA系统造成严重影响，根据这个研究成果，IEC提出了有关CSTDMA的标准。
但英国诺丁汉Andy Norris教授在《自动识别系统-B类设备对A类系统的影响》（“Automatic Identification Systems-the effects of Class B on the use of Class A System”，Journal of Navigation，May 2006）一文中，对同一海域，有120艘安装A类AIS的船舶、300艘安装CSTDMA B类AIS船舶的情况进行仿真，结果发送通信冲突可能性为20%左右。