pandas7-缺失数据

第七章 缺失数据

import numpy as np
import pandas as pd

一、缺失值的统计和删除

缺失信息的统计

缺失数据可以使用 isna 或 isnull （两个函数没有区别）来查看每个单元格是否缺失，通过和 sum 的组合
可以计算出每列缺失值的比例：

df = pd.read_csv('data/learn_pandas.csv',usecols = ['Grade', 'Name', 'Gender', 'Height','Weight', 'Transfer'])

df.isna().head()

	Grade	Name	Gender	Height	Weight	Transfer
0	False	False	False	False	False	False
1	False	False	False	False	False	False
2	False	False	False	False	False	False
3	False	False	False	True	False	False
4	False	False	False	False	False	False

df.isna().sum()/df.shape[0] # 查看缺失的比例

Grade       0.000
Name        0.000
Gender      0.000
Height      0.085
Weight      0.055
Transfer    0.060
dtype: float64

如果想要查看某一列缺失或者非缺失的行，可以利用 Series 上的 isna 或者 notna 进行布尔索引。例如，
查看身高缺失的行：

df[df.Height.isna()].head()

	Grade	Name	Gender	Height	Weight	Transfer
3	Sophomore	Xiaojuan Sun	Female	NaN	41.0	N
12	Senior	Peng You	Female	NaN	48.0	NaN
26	Junior	Yanli You	Female	NaN	48.0	N
36	Freshman	Xiaojuan Qin	Male	NaN	79.0	Y
60	Freshman	Yanpeng Lv	Male	NaN	65.0	N

如果想要同时对几个列，检索出全部为缺失或者至少有一个缺失或者没有缺失的行，可以使用 isna,
notna 和 any, all 的组合。例如，对身高、体重和转系情况这3列分别进行这三种情况的检索：

sub_set = df[['Height', 'Weight', 'Transfer']]

df[sub_set.isna().all(1)] # 全部缺失

	Grade	Name	Gender	Height	Weight	Transfer
102	Junior	Chengli Zhao	Male	NaN	NaN	NaN

df[sub_set.isna().any(1)].head() # 至少有一个缺失

	Grade	Name	Gender	Height	Weight	Transfer
3	Sophomore	Xiaojuan Sun	Female	NaN	41.0	N
9	Junior	Juan Xu	Female	164.8	NaN	N
12	Senior	Peng You	Female	NaN	48.0	NaN
21	Senior	Xiaopeng Shen	Male	166.0	62.0	NaN
26	Junior	Yanli You	Female	NaN	48.0	N

df[sub_set.notna().all(1)].head() # 没有缺失

	Grade	Name	Gender	Height	Weight	Transfer
0	Freshman	Gaopeng Yang	Female	158.9	46.0	N
1	Freshman	Changqiang You	Male	166.5	70.0	N
2	Senior	Mei Sun	Male	188.9	89.0	N
4	Sophomore	Gaojuan You	Male	174.0	74.0	N
5	Freshman	Xiaoli Qian	Female	158.0	51.0	N

2. 缺失信息的删除

数据处理中经常需要根据缺失值的大小、比例或其他特征来进行行样本或列特征的删除， pandas 中提供
了 dropna 函数来进行操作。
dropna 的主要参数为轴方向 axis （默认为0，即删除行）、删除方式 how 、删除的非缺失值个数阈值
thresh （ 非缺失值 没有达到这个数量的相应维度会被删除）、备选的删除子集 subset ，其中 how 主要
有 any 和 all 两种参数可以选择。
例如，删除身高体重至少有一个缺失的行：

res = df.dropna(how = 'any', subset = ['Height', 'Weight'])
res.shape

(174, 6)

# 例如，删除超过15个缺失值的列：
res = df.dropna(1, thresh=df.shape[0]-15) # 身高被删除
res.head()

	Grade	Name	Gender	Weight	Transfer
0	Freshman	Gaopeng Yang	Female	46.0	N
1	Freshman	Changqiang You	Male	70.0	N
2	Senior	Mei Sun	Male	89.0	N
3	Sophomore	Xiaojuan Sun	Female	41.0	N
4	Sophomore	Gaojuan You	Male	74.0	N

#当然，不用 dropna 同样是可行的，例如上述的两个操作，也可以使用布尔索引来完成：
res = df.loc[df[['Height', 'Weight']].notna().all(1)]
res.shape

(174, 6)

res = df.loc[:, ~(df.isna().sum()>15)]
res.head()

	Grade	Name	Gender	Weight	Transfer
0	Freshman	Gaopeng Yang	Female	46.0	N
1	Freshman	Changqiang You	Male	70.0	N
2	Senior	Mei Sun	Male	89.0	N
3	Sophomore	Xiaojuan Sun	Female	41.0	N
4	Sophomore	Gaojuan You	Male	74.0	N

二、缺失值的填充和插值

1. 利用fillna进行填充

在 fillna 中有三个参数是常用的： value, method, limit 。其中， value 为填充值，可以是标量，也可
以是索引到元素的字典映射； method 为填充方法，有用前面的元素填充 ffill 和用后面的元素填充
bfill 两种类型， limit 参数表示连续缺失值的最大填充次数。

# 下面构造一个简单的 Series 来说明用法：
s = pd.Series([np.nan, 1, np.nan, np.nan, 2, np.nan],list('aaabcd'))
s

a    NaN
a    1.0
a    NaN
b    NaN
c    2.0
d    NaN
dtype: float64

s.fillna(method='ffill') # 用前面的值向后填充

a    NaN
a    1.0
a    1.0
b    1.0
c    2.0
d    2.0
dtype: float64

s.fillna(method='ffill', limit=1) # 连续出现的缺失，最多填充一次

a    NaN
a    1.0
a    1.0
b    NaN
c    2.0
d    2.0
dtype: float64

s.fillna(s.mean()) # value为标量

a    1.5
a    1.0
a    1.5
b    1.5
c    2.0
d    1.5
dtype: float64

s.fillna({
    
    'a': 100, 'd': 200}) # 通过索引映射填充的值

a    100.0
a      1.0
a    100.0
b      NaN
c      2.0
d    200.0
dtype: float64

# 有时为了更加合理地填充，需要先进行分组后再操作。例如，根据年级进行身高的均值填充：
df.groupby('Grade')['Height'].transform(lambda x: x.fillna(x.mean())).head()

0    158.900000
1    166.500000
2    188.900000
3    163.075862
4    174.000000
Name: Height, dtype: float64

2. 插值函数

在关于 interpolate 函数的 文档 描述中，列举了许多插值法，包括了大量 Scipy 中的方法。由于很多插
值方法涉及到比较复杂的数学知识，因此这里只讨论比较常用且简单的三类情况，即线性插值、最近邻
插值和索引插值。
对于 interpolate 而言，除了插值方法（默认为 linear 线性插值）之外，有与 fillna 类似的两个常用参
数，一个是控制方向的 limit_direction ，另一个是控制最大连续缺失值插值个数的 limit 。其中，限制
插值的方向默认为 forward ，这与 fillna 的 method 中的 ffill 是类似的，若想要后向限制插值或者双向
限制插值可以指定为 backward 或 both 。

s = pd.Series([np.nan, np.nan, 1,np.nan, np.nan, np.nan,2, np.nan, np.nan])
s.values

array([nan, nan,  1., nan, nan, nan,  2., nan, nan])

# 例如，在默认线性插值法下分别进行 backward 和双向限制插值，同时限制最大连续条数为1：
res = s.interpolate(limit_direction='backward', limit=1)
res.values

array([ nan, 1.  , 1.  ,  nan,  nan, 1.75, 2.  ,  nan,  nan])

res = s.interpolate(limit_direction='both', limit=1)
res.values

array([ nan, 1.  , 1.  , 1.25,  nan, 1.75, 2.  , 2.  ,  nan])

# 第二种常见的插值是最近邻插补，即缺失值的元素和离它最近的非缺失值元素一样：
s.interpolate('nearest').values

array([nan, nan,  1.,  1.,  1.,  2.,  2., nan, nan])

# 最后来介绍索引插值，即根据索引大小进行线性插值。例如，构造不等间距的索引进行演示：
s = pd.Series([0,np.nan,10],index=[0,1,10])
s

0      0.0
1      NaN
10    10.0
dtype: float64

s.interpolate() # 默认的线性插值，等价于计算中点的值

0      0.0
1      5.0
10    10.0
dtype: float64

s.interpolate(method='index') # 和索引有关的线性插值，计算相应索引大小对应的值

0      0.0
1      1.0
10    10.0
dtype: float64

# 同时，这种方法对于时间戳索引也是可以使用的，有关时间序列的其他话题会在第十章进行讨论，这里举一个简单的例子：
s = pd.Series([0,np.nan,10],index=pd.to_datetime(['20200101','20200102','20200111']))
s

2020-01-01     0.0
2020-01-02     NaN
2020-01-11    10.0
dtype: float64

s.interpolate()

2020-01-01     0.0
2020-01-02     5.0
2020-01-11    10.0
dtype: float64

三、Nullable类型

1. 缺失记号及其缺陷

在 python 中的缺失值用 None 表示，该元素除了等于自己本身之外，与其他任何元素不相等

None == None

True

None == False

False

None == []

False

None == ''

False

在 numpy 中利用 np.nan 来表示缺失值，该元素除了不和其他任何元素相等之外，和自身的比较结果也返
回 False ：

np.nan == np.nan

False

np.nan == None

False

np.nan == False

False

在 pandas 中无论是 None 还是 np.nan ，存入序列或表中都会以 np.nan 的形式存储：

pd.Series([1, None])

0    1.0
1    NaN
dtype: float64

pd.Series([1, np.nan])

0    1.0
1    NaN
dtype: float64

s1 = pd.Series([1, np.nan])
s1 == 1

0     True
1    False
dtype: bool

s2 = pd.Series([1, 2])
s3 = pd.Series([1, np.nan])

s1.equals(s2)

False

s1.equals(s3)

True

在时间序列的对象中， pandas 利用 pd.NaT 来指代缺失值，它的作用和 np.nan 是一致的（时间序列的对
象和构造将在第十章讨论）

pd.to_timedelta(['30s', np.nan]) # Timedelta中的NaT

TimedeltaIndex(['0 days 00:00:30', NaT], dtype='timedelta64[ns]', freq=None)

pd.to_datetime(['20200101', np.nan]) # Datetime中的NaT

DatetimeIndex(['2020-01-01', 'NaT'], dtype='datetime64[ns]', freq=None)

那么为什么要引入 pd.NaT 来表示时间对象中的缺失呢？仍然以 np.nan 的形式存放会有什么问题？在
pandas 中可以看到 object 类型的对象，而 object 是一种混杂对象类型，如果出现了多个类型的元素同
时存储在 Series 中，它的类型就会变成 object 。例如，同时存放整数和字符串的列表：

pd.Series([1, 'two'])

0      1
1    two
dtype: object

NaT 问题的根源来自于 np.nan 的本身是一种浮点类型，而如果浮点和时间类型混合存储，如果不设计新
的内置缺失类型来处理，就会变成含糊不清的 object 类型，这显然是不希望看到的。

type(np.nan)

float

同时，由于 np.nan 的浮点性质，如果在一个整数的 Series 中出现缺失，那么其类型会转变为 float64 ；
而如果在一个布尔类型的序列中出现缺失，那么其类型就会转为 object 而不是 bool ：

pd.Series([1, np.nan]).dtype

dtype('float64')

pd.Series([True, False, np.nan]).dtype

dtype('O')

2. Nullable类型的性质

从字面意义上看 Nullable 就是可空的，言下之意就是序列类型不受缺失值的影响。例如，在上述三个
Nullable 类型中存储缺失值，都会转为 pandas 内置的 pd.NA：

pd.Series([np.nan, 1], dtype = 'Int64') # "i"是大写的

0    <NA>
1       1
dtype: Int64

pd.Series([np.nan, True], dtype = 'boolean')

0    <NA>
1    True
dtype: boolean

pd.Series([np.nan, 'my_str'], dtype = 'string')

0      <NA>
1    my_str
dtype: string

在 Int 的序列中，返回的结果会尽可能地成为 Nullable 的类型：

pd.Series([np.nan, 0], dtype = 'Int64') + 1

0    <NA>
1       1
dtype: Int64

pd.Series([np.nan, 0], dtype = 'Int64') == 0

0    <NA>
1    True
dtype: boolean

pd.Series([np.nan, 0], dtype = 'Int64') * 0.5 # 只能是浮点

0    NaN
1    0.0
dtype: float64

对于 boolean 类型的序列而言，其和 bool 序列的行为主要有两点区别：< br/>
第一点是带有缺失的布尔列表无法进行索引器中的选择，而 boolean 会把缺失值看作 False ：

s = pd.Series(['a', 'b'])
s_bool = pd.Series([True, np.nan])
s_boolean = pd.Series([True, np.nan]).astype('boolean')

s[s_boolean]

0    a
dtype: object

第二点是在进行逻辑运算时，bool 类型在缺失处返回的永远是False ，而boolean 会根据逻辑运算是否能确
定唯一结果来返回相应的值。那什么叫能否确定唯一结果呢？举个简单例子：True | pd.NA 中无论缺失值为
什么值，必然返回True ；False | pd.NA 中的结果会根据缺失值取值的不同而变化，此时返回pd.NA ；False
& pd.NA 中无论缺失值为什么值，必然返回False 。

s_boolean & True

0    True
1    <NA>
dtype: boolean

s_boolean | True

0    True
1    True
dtype: boolean

~s_boolean # 取反操作同样是无法唯一地判断缺失结果

0    False
1     <NA>
dtype: boolean

#一般在实际数据处理时，可以在数据集读入后，先通过convert_dtypes 转为Nullable 类型：
df = pd.read_csv('data/learn_pandas.csv')
df = df.convert_dtypes()
df.dtypes

School          string
Grade           string
Name            string
Gender          string
Height         float64
Weight           Int64
Transfer        string
Test_Number      Int64
Test_Date       string
Time_Record     string
dtype: object

3. 缺失数据的计算和分组

当调用函数 sum, prob 使用加法和乘法的时候，缺失数据等价于被分别视作0和1，即不改变原来的计算结果:

s = pd.Series([2,3,np.nan,4,5])

s.sum()

14.0

s.prod()

120.0

# 当使用累计函数时，会自动跳过缺失值所处的位置：
s.cumsum()

0     2.0
1     5.0
2     NaN
3     9.0
4    14.0
dtype: float64

四、练习

后续再进行补救学习!