ETE Toolkit 项目教程

ETE Toolkit 项目教程

ete Python package for building, comparing, annotating, manipulating and visualising trees. It provides a comprehensive API and a collection of command line tools, including utilities to work with the NCBI taxonomy tree. ete 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/et/ete

1. 项目的目录结构及介绍

ETE Toolkit 是一个用于构建、比较、注释、操作和可视化树结构的 Python 包。以下是项目的目录结构及其介绍:

ete/
├── ete4/
│   ├── __init__.py
│   ├── core/
│   ├── tools/
│   ├── utils/
│   └── ...
├── examples/
│   ├── basic_examples.py
│   ├── advanced_examples.py
│   └── ...
├── tests/
│   ├── test_core.py
│   ├── test_tools.py
│   └── ...
├── utils/
│   ├── utils.py
│   └── ...
├── .gitignore
├── .travis.yml
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
├── THANKS.md
├── VERSION
├── pyproject.toml
├── run_tests.py
└── setup.py

目录结构介绍

  • ete4/: 核心代码目录,包含项目的核心模块和工具。
    • init.py: 初始化文件,用于导入模块。
    • core/: 核心功能模块,包含树结构的基本操作。
    • tools/: 工具模块,包含用于树操作的额外工具。
    • utils/: 实用工具模块,包含一些辅助函数和类。
  • examples/: 示例代码目录,包含基本和高级的示例代码。
  • tests/: 测试代码目录,包含项目的单元测试和集成测试。
  • utils/: 实用工具目录,包含一些辅助工具和脚本。
  • .gitignore: Git 忽略文件,指定不需要版本控制的文件和目录。
  • .travis.yml: Travis CI 配置文件,用于持续集成。
  • CODE_OF_CONDUCT.md: 行为准则文件,定义项目的行为规范。
  • CONTRIBUTING.md: 贡献指南文件,指导如何为项目贡献代码。
  • LICENSE: 许可证文件,定义项目的开源许可证。
  • README.md: 项目说明文件,包含项目的概述和使用说明。
  • THANKS.md: 感谢文件,感谢为项目做出贡献的人员。
  • VERSION: 版本文件,记录项目的当前版本。
  • pyproject.toml: Python 项目配置文件,定义项目的构建和依赖。
  • run_tests.py: 测试运行脚本,用于执行项目的测试。
  • setup.py: 安装脚本,用于安装项目的依赖和配置。

2. 项目的启动文件介绍

ETE Toolkit 的启动文件主要是 setup.pyrun_tests.py

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本,用于安装项目的依赖和配置。通过运行以下命令可以安装 ETE Toolkit:

python setup.py install

run_tests.py

run_tests.py 是项目的测试运行脚本,用于执行项目的单元测试和集成测试。通过运行以下命令可以运行测试:

python run_tests.py

3. 项目的配置文件介绍

ETE Toolkit 的配置文件主要包括 .travis.ymlpyproject.toml

.travis.yml

.travis.yml 是 Travis CI 的配置文件,用于定义项目的持续集成流程。它指定了项目的构建环境、测试命令和通知设置等。

pyproject.toml

pyproject.toml 是 Python 项目的配置文件,定义了项目的构建系统和依赖。它通常包含以下内容:

[build-system]
requires = ["setuptools", "wheel"]
build-backend = "setuptools.build_meta"

这个文件指定了项目所需的构建工具和后端。


通过以上内容,您可以了解 ETE Toolkit 项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本信息。希望这篇教程对您有所帮助!

ete Python package for building, comparing, annotating, manipulating and visualising trees. It provides a comprehensive API and a collection of command line tools, including utilities to work with the NCBI taxonomy tree. ete 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/et/ete

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