利用sed命令将基因id中的分号替换成横线

由于自己在运行以下命令时报错，后来发现是基因ID中存在分号所致（因为genome.gtf文件本身最后一行的信息就是利用分号进行分隔的）

gtftk count -i genes_all.gtf > genes_all.gtf.count

利用sed命令进行替换

#检查基因id是否存在分号
# awk -F "\t" '$NF ~ /"\S+;\S*"/' genome.gtf |less
mv genome.gtf tmp.gtf
#替换
sed 's/\( "\S*\);\(\S*"\)/\1-\2/g' tmp.gtf > genome.gtf

sed 是一个流编辑器，用于对文本进行过滤和转换。这个命令 sed 's/\( "\S*\);\(\S*"\)/\1-\2/g' 是一个 sed 命令的替换（s）操作，用于查找和替换文本。让我们逐步分析这个命令：

s：表示替换操作。
/\( "\S*\);\(\S*"\)/：这是替换操作的搜索模式，它使用了正则表达式和分组。
- \( 和 \)：这些是分组的开始和结束标记，它们将正则表达式的一部分分组，以便在替换模式中引用。
- "\S*"：匹配一个双引号，后面跟着任意数量的非空白字符（\S 表示非空白字符），直到遇到另一个双引号。这个模式匹配了两个这样的字符串。
- \(\S*\)：这是第二个分组，匹配任意数量的非空白字符。
/\1-\2/g：这是替换模式。
- \1 和 \2：这些是反向引用（指定打印第几个括号中的内容），分别引用了搜索模式中的两个分组。
- -：这是要插入在两个分组之间的字符。
- g：全局替换标志，表示替换每一行中所有匹配的文本，而不是只替换第一个匹配。

综合来看，这个 sed 命令的作用是：

在每一行中查找所有符合模式 "非空白字符序列";"非空白字符序列" 的文本。
将找到的文本替换为第一个分组的内容（即第一个双引号内的非空白字符序列），后面紧跟一个短横线 -，然后是第二个分组的内容（即第二个双引号内的非空白字符序列）。

例如，如果输入文本是：

"value1";"value2"
"another1";"another2"

使用这个 sed 命令后，输出将是：

复制

value1-value2
another1-another2

这个命令在处理具有特定格式的文本时非常有用，比如在处理CSV（逗号分隔值）文件时，你可能需要将某些字段合并，并用短横线连接。