找出原因了，是gdb搞得鬼，cygwin的gdb新版本（200607） ，
1、进入Eclipse，以此选择【Window】－【Preferences】。
2、选择【C/C++】－【Debug】－【Common Source Lookup Source】。
3、右边点击【Add…】，选择【Path Mapping】。然后点选刚才增加的Path Mapping，【Edit…】，再【Add…】，
在Compilation path中填写/cygdrive/c，Local file system path里面填写c:/；
在Compilation path中填写/cygdrive/d，Local file system path里面填写d:/；
在Compilation path中填写/cygdrive/e，Local file system path里面填写e:/；
……
以上几个映射看情况添加添加，就看你的workspace在哪里了！