conda使用教程——分类总结

1.首先安装anaconda或者miniconda

anaconda: https://www.anaconda.com/download/

miniconda: https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

 

两者区别见https://blog.csdn.net/qq_18668137/article/details/80807829

 

2.配置 configure：此处为添加清华源

1 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
2 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
3 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
4 conda config --set show_channel_urls yes

3. 查看已配置的channels

1 conda config --get channels

 

4. 创建环境和安装包

 1 conda create -n env_name package_name  # 创建env_name环境以及在该环境下安装package_name包
 2 source activate env_name， source deactivate env_name  # 激活或者禁用当前环境
 3 conda info --env，conda env list  # 查看所有的环境，带*的为激活的环境
 4 conda create -n env_name python=3.5  # 在env_name 环境中指定暗转python3.5版本
 5 conda list  # 列出当前环境下所有安装包
 6 conda list -n my_env  # 列出 my_env环境中所有的安装包
 7 conda list --export > package-list.txt  # 把当前环境中的所有包导出list，以备后续使用
 8 conda create -n my_env --file package-list.txt  # 对导出的包list重新安装到my_env 环境中
 9 conda search package_name  # 搜索是否有这个安装包，没有的话无法使用conda install 安装
10 source activate env_name；  # conda install package_name，在env_name环境中安装包

例如: 创建外显子测序流程中测序分析环境wes，并在wes中安装外显子分析相关软件，安装完毕后activate环境即可在该环境下分析wes，以避免软件冲突

1 conda create -n wes bcftools vcftools python=2 bwa
2 source activate wes

 

5. 删除环境

1 conda env remove -n env_name 

6.conda安装/卸载当前channels中不存在的包

1 anaconda search -t conda xxx #首先搜索包和对应的channel，注意这里是anaconda，而不是conda
2 anaconda show rpetit3/aspera-connect #查看包详情
3 conda install -c rpetit3 aspera-connect  #安装rpetit3 channel中的aspera-connect包

7.更新和卸载包

1 conda update package_name
2 conda uninstall package_name， conda remove package_name
3 conda uninstall -n env package_name # 删除env环境中的xxx包 uninstall可以用remove代替

 

8.conda 更新

1 conda update conda