频域滤波器相较空域滤波器而言，更为直观，频域滤波器表达了一系列空域处理的本质，（如平滑，锐化等）即对高于/低于某一特定频率的灰度变化信息予以滤除，而对其他的灰度变化信息基本保持不变。这种直观性增加了频域滤波器设计的合理性，使得读者更容易设计出针对特定问题的频域滤波器。
例如，利用带阻滤波器实现了对图像中周期噪声的滤除，而想直接在空域中设计出一个能够完成如此滤波任务的滤波器是相对困难的。
为了得到合适的空域滤波器，很自然地想到可以首先设计频域滤波器，而后根据卷积定理，将频域滤波器反变换至空域后就得到了空域中滤波使用地卷积模板，从而解决空域滤波器的设计难题。然而直接反变换得到的空域卷积模板同频域滤波器等大，从而与图像具有相同的尺寸。而模板操作十分耗时，要计算这样大的模板与图像卷积将是十分低效的。
在实际中可以发现，利用以全尺寸的空域滤波器为指导设计出的形状与之类似的小空域卷积模板，同样可以取得类似于频域滤波器的滤波效果，这就为从频域出发，最终设计出具有实用价值的空域模板提出一个完美的解决方案。
空域是局部滤波，频域是全局滤波。因为空域滤波是只和局部信息有关，但是频域滤波是和整体图像信息有关。至于怎么选择，就看具体了。