FSL是在服务器上安装的,可能有点问题,但是预处理部分还是没问题的,记录一下操作流程。
由于我拿到的数据格式就是NIfTI格式的,所以不需要做格式转换。
使用数据格式介绍:
四维NIfTI文件:.nii,即转换后的脑图像;
b值文件:bvals,记录扫描磁场加权的数值信息;
b向量文件:bvecs,记录扫描磁场加权的方向信息。
以及对应的T1加权结构像。
预处理操作:
1.去除非脑组织。对T1和DTI分别进行。
去除非脑组织前,需要先从被试的四维文件中提取出一张未加权的图像,也就是b0图像,然后对b0进行bet处理。在原始的NIfTI文件中,第一张图片即为未加权的图像,使用的命令如下:
fslroi in nodif 0 1
其中fslroi函数将待选择的图像从原始四维文件中分离出来。指令中in是NIfTI文件,nodif是输出,即未加权的图像。0表示从第一张图像开始提取,1表示只取一张图像。
去除非脑组织的命令如下:
bet input output -m -f 0.3 -g -0.3
其中bet函数实现去除脑组织。-o用于观察去除头盖骨的程度是否合理,-m用于生成mask文件,该文件用于后续的概率建模,-f用于去除头盖骨,参数可以调整,-g用来去除脖颈及以下部分。
2.涡流校正:
使用的命令如下:
eddy_correct input output 0
input为格式转换后的NIfTI格式文件,output是涡流校正后的文件。0表示以第一张作为参考图像,即未加权的图像。
参考资料:
1.https://blog.csdn.net/zaza_zaza/article/details/46459987
2.基于DTI脑网络多变量分析的面孔识别能力个体差异的研究_孙凯