Multiple Testing | 多重假设检验 | FDR

RNA-seq数据分析中,为了鉴定两个group 差异表达的基因,会针对每一个基因分别做假设检验(例如T-test),这里会出来一个P-value,但是往往R中专门做差异表达的package,还会有Adjusted-P 这么一个P-value。或者我们经常会碰到FDR这个概念。这些说的都是Multiple Testing。

1. 首先当我们要针对多个特征(例如基因)做假设检验时,由于每次检验都有一定几率会发生第一类错误(Type I errors/false positives),所以每进行一次假设检验,就会降低整体(所有假设检验)的结果的可信度,随着检验次数的增加,至少出现一次错误的可能性也在增加。这里用抛不同硬币的例子很形象这个案例也很好

2. 所以就要对P-value进行调整(上调),以减小整体的FDR。比较温和的方法是Holm-Bonferroni。见下图。

3. 那么如何在python中做multiple testing呢

首先要对自己的数据每一个feature做testing (T-test/ Wilkson 等),然后再用statsmodels 中的multipletests方法,详见该链接

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转载自www.cnblogs.com/wanggy/p/13377624.html
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